ההבדל העיקרי בין ניתוח כמותני לניתוח איכותני, הוא כשמם - בעוד הניתוח הכמותני שואף לבדוק מספר נבדקים רב, כאשר האידיאל הוא ליצור מדגם מייצג, הניתוח האיכותני עוסק בניתוח עומק של מספר מרואיינים מצומצם. בנוסף, ניתוח איכותני לא כולל סולמות תשובה, כגון ”עד כמה את/ה מסכימ/ה עם המשפט הבא: ________ בין 1 ל-5?“, אלא מתמקד בתשובות לשאלות פתוחות. בניתוח האיכותני בשלב ראשון מבוצע ניתוח התשובות של כל המרואיינים לאותה שאלה, מחפשים קווים משותפים, דברים דומים או שונים בין התשובות. כך למשל, בפרק התוצאות של ניתוח איכותני ניתן לרשום ”בעוד מרבית המשיבים טוענים כי _____, משיב __ טוען בניגוד אליהם כי _____“. או ”דעות המשיבים בנושא ___ חלוקות: בעוד חלקם טוענים כי ____, אחרים טוענים ההיפך“, עם הבאת דוגמאות רלוונטיות. בנוסף, בניתוח איכותני נהוג להביא ציטוטים משתובות המרואיינים על מנת לבסס את הטענה. יש האומרים שניתוח איכותני קל יותר מניתוח כמותני ויש הטוענים את ההיפך. את הניתוח האיכותני ניתן לבצע גם ללא תוכנה כלשהי, במיוחד כאשר ניתן לחלק את תשובות המשיבים לקבוצות בקלות יחסית. אם בכל זאת רוצים להיעזר בתוכנות ”אלטס“ או